De arts vraagt u plaats te nemen op bed. Tijdens dit onderzoek ligt u op uw zij met een gebogen rug en opgetrokken knieën. De arts bepaalt de prikplaats, Meestal gebeurt dit in het bekken boven de linker of rechter bil (zelden in het borstbeen). Vervolgens wordt uw huid ontsmet op de plaats waar de arts het bot en beenmerg gaat afnemen. U wordt plaatselijk verdoofd met een injectie. Wanneer de verdoving is ingewerkt prikt de arts het bekken aan met een speciale holle naald. Het aanprikken is, ondanks de verdoving, niet geheel gevoelloos, aangezien het bot niet verdoofd kan worden.
Bij een beenmergonderzoek kunnen twee soorten materiaal worden afgenomen:
een beenmergaspiraat en een beenmergbiopt. Een beenmergaspiraat is het opzuigen van beenmerg, dit wordt gedaan met behulp van een spuit. Het opzuigen kan een korte, felle pijn geven, de arts zal dit van te voren aangeven. Een beenmergbiopt is het wegnemen van een stukje bot. De arts neemt een biopt met behulp van een naald, waarmee hij een draaiende (borende) beweging maakt. Dit veroorzaakt mogelijk een drukkend gevoel. Het hele onderzoek duurt ongeveer 10-15 minuten.